Em 2003, o COEP Brasil tornou-se membro do Conselho Assessor Nacional da Embrapa.

Criado em 1991, o Conselho Assessor tem como objetivo assessorar a Diretoria Executiva da Embrapa na definição de macropolíticas, e na captação de recursos, e de apresentar propostas de novos programas de pesquisa. O Conselho Assessor Nacional incorporou membros da sociedade civil no ano de 2003.